Otra de las ventajas de XenToolBox frente a otras herramientas de administración Xen, es la posibilidad de gestionar el orden de arranque de las máquinas virtuales, estableciendo un delay específico para cada una, si fuera necesario. De este modo podemos asegurarnos de que en el momento de arranque de cada máquina, ésta dispondrá de todos los recursos y servicios que necesite, que habrán sido habilitados durante el delay asignado a la máquina.
simplemente hay que agregar al listado las máquinas que queramos que sean auto-arrancadas, y ordenarlas por prioridad pinchando y arrastrando cada una a la posición en la que queramos que arranque, siendo la máquina con mayor prioridad de arranque la primera de la lista, y la de menor prioridad la última de la lista. A continuación para cada una hay que establecer el delay con respecto a la máquina que arranque inmediatamente antes.
El auto-arranque de XenToolBox se sobrepone al auto-start que implementa por defecto Xen. De este modo, al incluir una VM en una planificación de arranque por prioridad, el auto-start implementado por Xen queda desactivado. Del mismo modo, al eliminar una VM de una configuración de arranque por prioridad de XenToolBox, se vuelve a activar el auto-start de Xen que tuviese configurado.
Existe la posibilidad de desactivar el arranque automático. La configuración de arranque que haya establecida en ese momento quedará grabada, de modo que al activarlo de nuevo, la configuración seguirá siendo la misma.